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湖北日報訊（記者韓曉玲、通訊員蔣朝常）近日，記者從華中農(nóng)業(yè)大學獲悉，作物遺傳改良全國重點實驗室、湖北洪山實驗室張建偉教授課題組聯(lián)合國內外多所高校和研究機構，建成了水稻基因索引數(shù)據(jù)庫，為全球水稻研究學者提供免費在線檢索和分析服務。

科研人員以代表亞洲栽培稻群體結構的高質量基因組為研究對象，構建并全面分析基因組倒位圖譜，建成首個基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數(shù)據(jù)庫——水稻基因索引數(shù)據(jù)庫。

張建偉教授告訴記者，數(shù)據(jù)庫中一共包含了744233個基因，共有5074605個同源基因對，不同種質間平均有33350個同源基因對，合并去冗余后可以得到119783個同源基因簇，在進一步合并后，提供了112658個同源基因簇（命名為同源基因索引），以此來索引亞洲栽培稻代表性種質的所有基因。

這個數(shù)據(jù)庫為每個水稻基因建立一張“綜合圖文信息卡片”，實現(xiàn)不同功能和常用數(shù)據(jù)庫之間的快速鏈接，記錄包括同源基因索引、基因通用名、序列、功能、表達以及其他模塊或外鏈數(shù)據(jù)庫等基本信息，并展示該基因轉錄本結構、可變剪接事件的可交互示意圖，以及其同源關系網(wǎng)絡圖和系統(tǒng)發(fā)育樹等。

數(shù)據(jù)庫向全球免費開放。用戶可以通過感興趣的基因通用名、基因ID或基因序列等，快速在數(shù)據(jù)庫中檢索亞洲栽培稻其他種質中對應的同源基因，以及它們的一些綜合性信息。數(shù)據(jù)庫提供了在染色體水平和基因水平對種質間共線性進行分析和可視化的功能，與基因組瀏覽器和富集分析等常用工具，能為相關研究提供便利。

這就仿佛查閱一本詞典，不但能查到某個詞，還能查到它的“近義詞”，以及演變的來龍去脈。

張建偉教授介紹，研究中所使用的基因組可以代表亞洲栽培稻信息。除少數(shù)的非洲栽培稻外，目前全球種植的絕大部分水稻都屬于亞洲栽培稻，因此亞洲栽培稻可一定程度上代表全球水稻。但是，長期的馴化使得水稻的產(chǎn)量和品質等不斷提高，卻也大大降低了群體的遺傳多樣性。而野生稻相比于栽培稻，有更豐富的遺傳多樣性，也包含許多抗病、抗逆的基因，這都是急需研究的。課題組正在開展進一步工作，向數(shù)據(jù)庫添加更多的亞洲栽培稻以及野生近緣種，提供更豐富的內容。

前不久，相關研究成果已在國際學術期刊《自然·通訊》《分子植物》發(fā)表。

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